Valget af materiale til en muffelovn er direkte relateret til dens høje temperaturbestandighed, mekaniske styrke, kemiske stabilitet og termiske effektivitet. Traditionelle muffelovne bruger for det meste højtemperaturbestandige materialer såsom ildfaste mursten og siliciumcarbid til at bygge ovnen og ovnlegemet, selvom disse materialer har god højtemperaturbestandighed, men der er begrænsninger i mekanisk styrke, termisk stødstabilitet og kemisk angrebsbestandighed . Derfor er materialevalget særligt vigtigt i designet af den nye muffelovn.
I de senere år, med den kontinuerlige udvikling af højtemperatur-strukturmaterialer og kompositmaterialer, er en række højtydende materialer blevet introduceret til fremstilling af muffelovne. For eksempel har højtemperaturlegeringer, keramiske kompositter og specialglas ikke kun fremragende højtemperaturbestandighed, men også fremragende mekanisk styrke, termisk stødbestandighed og kemisk stabilitet. Derudover giver anvendelsen af nye materialer såsom nanomaterialer og belægningsteknologi også nye muligheder for at forbedre ydeevnen af muffelovne.